Itsuka Shido egy középiskolás fiú. A tavaszi szünet utolsó napjaiban a város megsemmisül egy robbanás következtében, majd megjelenik előtte egy páncélt viselő lány. Shido húga, Kotori, elmondja, hogy a lány egy úgynevezett "Speciális katasztrófákra szakosodott lény: Lélek", amik térrengéseket okoznak. Kotori felfedi, hogy a Ratatosk nevű Lélek-ellenes szervezet parancsnoka, és arra utasítja emberünket, hogy randizzon a Lélek lánnyal. Kotori azt mondja, "Nem kérem tőled, hogy győzd le a Lelkeket. Csak engedd, hogy beléd szeressen, és ezzel mentsd meg a világot."