Oreki Hotaro egy középiskolás srác, aki mindig passzívan áll a dolgokhoz. Egy nap belép a "Koten Bu (Klasszikus Irodalmi Klubba)", amit a nővére ajánlott neki.

Ott találkozik Chitanda Eru-val, Fukube Satoshi-val, és Ibara Mayaka-val. Chitanda egy nyugodt és gyönyörű lány, de maga a kíváncsiság megtestesülésévé változik, miután kimondja "Érdekel (Watashi, Kininarimasu)". Fukube egy mosolygós srác, aki rendkívüli memóriával bír, amit viszont soha sem használ a saját érdekében. Ibara egy alacsony lány, aki nagyon szigorú magával és másokkal szemben is. Szereti Fukube-t, de ő mindig elhárítja a közeledését.

Együtt belekezdenek egy 33 évvel ezelőtti eset vizsgálásába. A rejtély megoldásának a kulcsa a Koten Klub régi tagjainak a munkájának gyűjteményében rejlik. A gyűjtemény neve "Hyouka".