Sakurakouji Sakura egy nap a buszon utazott, mikor is az ablakon kinézve embereket látott, az egyik kék lángok által égett és egy vele egykorú fiút, aki sértetlenül állt mellette.
A lány másnap visszatért a tett helyszínére, de hullát és bizonyítékot se talált, ami gyilkosságra utalna, ám egy kis égésnyomot igen. Ezután visszament az iskolába, ahol egy újonnan érkezett diákot fedez fel az osztályában, Oogami Rei személyéjében, aki pont úgy nézett ki, mint a fiú, akit a minap látott, és aki csak a bal kezén viselt egy fekete kesztyűt.
Oogami egy Code:Breaker, aki „nem is létezik”. Ő egy látszólag hidegvérű gyilkos, aki a „szemet szemét, fogat fogért”, „gonosszal a gonosz ellen” elveket követi. Sakurakouji meg van győződve, hogy a gyilkolás nem helyes, ezért fellép, hogy megállítsa, és hogy felolvassza a fiú hideg szívét.