A középiskolás Vanguard Koshien után Ibuki Koujit nyugtalanító rémálmok kezdik kísérteni. Egy ismeretlen kastély, torzult idősíkok és megmagyarázhatatlan veszteségérzet vonulnak végig az álmain. Amikor Tatsunagi Nome és Tatsunagi Suiko meghívják a birtokukra, Ibuki megtudja, hogy az álmaiban látott épület valós: ez a Szentély nevű Sötét Torony, amelynek létezése megbontja a történelem természetes folyását.

A torony hatására a világ eseményei számos ponton eltértek attól, ahogyan történniük kellett volna. Hogy helyrehozza ezt, Ibukinak az alternatív valóságokba utazva kell feltárnia és kijavítania a hibákat – kezdve saját jövőbeli tévedésével. A sorozat humoros, abszurd és drámaibb hangulatokat váltogat, miközben különböző „Mi lett volna, ha…?” típusú világokat mutat be, például ahol a főszereplők szerepei felcserélődtek, klánok mások kezében vannak, vagy a világ egy-egy eleme teljesen más irányt vett.

Bár a Gaiden: If nem része a fő reboot-idővonalnak, több karakter új oldala is bemutatkozik, és betekintést nyerünk abba, hogyan nézne ki a Vanguard világa teljesen más körülmények között.