A történet egy kissé futurisztikus világban játszódik, ahol a Földet megtámadták egy másik dimenzióból érkezett, Nova nevű idegenek. Egy japán fiú, Kazuya Aoi jelentkezik egy speciális iskolába, ahol genetikailag módosított, Pandora nevű lányok harcolnak az idegenek ellen a fiú társaikkal, a Limiterekkel, akik egy "fagyasztás" nevű speciális erővel korlátozni tudják az ellenfél mozgását. A főhős megismerkedik egy Satellizer el Bridget nevű szokatlan, idősebb lánnyal, aki a legerősebb Pandorának tűnik az osztályában, de még nem választott magának fiú partnert, Aoi pedig a barátai figyelmeztetése ellenére is el akarja vállalni ezt a szerepet.