A Madoka trilógia második filmje. A sorozat utolsó négy epizódját dolgozza fel (kiegészítő tartalmakkal, kisebb javításokkal, korrigálásokkal, stb).

Kaname Madokanak, egy nyolcadikos lánynak a Mitakihara általánosban, szerető családja és csodálatos barátai vannak, időről időre pedig együtt nevetnek és sírnak. Egy nap azonban mágikus találkozásban lesz része, amit egyelőre nem tud, hogy a véletlennek vagy a sorsnak köszönhet. Ez a sorsdöntő találkozás azonban képes megváltoztatni a sorsát, és egyben egy nem túl derűs, új történet kezdetét jelenti a mágikus lányok körében.